Pembesaran mikroskop biologi biasanya rendah, antara 40x hingga 1000x. Ini kerana sampel biologi biasanya telus dan memerlukan pembesaran sederhana untuk memerhatikan struktur sel dan tisu.
Dalam mikroskop biologi, pembesaran ditentukan oleh gabungan kanta objektif dan kanta mata. Pembesaran kanta objektif biasa termasuk 4x, 10x, 40x dan 100x, manakala kanta mata biasanya mempunyai pembesaran 10x. Oleh itu, pembesaran maksimum mikroskop biologi biasa ialah objektif 100x didarab dengan kanta mata 10x, yang bersamaan dengan 1000x.
Adalah penting untuk ambil perhatian bahawa pembesaran mikroskop biologi tidak setinggi mikroskop elektron kerana sampel biologi selalunya kompleks dalam struktur, dan proses pemerhatian memerlukan mengekalkan daya maju dan integriti spesimen. Selain itu, resolusi mikroskop biologi juga penting kerana struktur biologi selalunya sangat kecil dan memerlukan resolusi tinggi untuk melihat butiran halus.
Dalam aplikasi khusus tertentu yang memerlukan pembesaran lebih tinggi, seperti penyelidikan patologi atau pembedahan mikro, kanta mata pembesaran lebih tinggi (cth, 16x atau lebih tinggi) boleh digunakan dalam kombinasi dengan kanta mata yang sesuai untuk mencapai pembesaran yang lebih tinggi. Walau bagaimanapun, pemerhatian pembesaran tinggi ini biasanya memerlukan penyediaan sampel dan teknik mikroskopi yang lebih kompleks dan menuntut kemahiran yang lebih besar daripada pengendali.