Mikroskop adalah salah satu ciptaan terbesar manusia. Sebelum penciptaannya, idea manusia tentang dunia di sekeliling mereka terhad kepada menggunakan mata kasar, atau memegang kanta untuk membantu melihat dengan mata kasar.
Mikroskop telah membuka dunia baharu dalam penglihatan manusia, melihat buat pertama kalinya kerja dalaman ratusan haiwan dan tumbuhan kecil "baru", daripada badan manusia kepada gentian tumbuhan. Mikroskopi juga membantu saintis menemui spesies baharu dan membantu doktor merawat penyakit.
Mikroskop pertama dibuat di Belanda pada akhir abad ke-16. Penciptanya ialah Yas Jensen, seorang pakar optik Belanda atau seorang lagi saintis Belanda, Hans Lipsch, yang membuat mikroskop mudah dengan dua kanta tetapi tidak membuat sebarang pemerhatian penting dengan instrumen ini.
Dua orang kemudian mula menggunakan mikroskop dalam sains. Yang pertama ialah saintis Itali Galileo Galilei. Dia pertama kali menggambarkan serangga melalui mikroskop selepas mata majmuknya. Yang kedua ialah saudagar linen Belanda Leeuwenhoek (1632-1723), yang sendiri belajar mengasah kanta. Buat pertama kalinya, dia menggambarkan banyak tumbuhan dan haiwan kecil yang tidak dapat dilihat dengan mata kasar.
Pada tahun 1931, Ernst Ruska merevolusikan biologi dengan membangunkan mikroskop elektron. Ini membolehkan saintis memerhati objek sekecil sepersejuta milimeter. Pada tahun 1986 beliau dianugerahkan Hadiah Nobel.